De opleiding tot patholoog is opgebouwd uit thema’s. Ieder fase van de opleiding doorloop je meerder thema’s waarbij alle orgaansystemen aan bod komen. Binnen ieder thema is er aandacht voor wel zowel de macroscopie (het uitsnijden van operatie preparaten) als voor de microscopie (de beoordeling van weefsel via microscopisch onderzoek). Daarnaast is er ruimte voor de nieuwe ontwikkelingen het vak, zoals moleculaire diagnostiek en de toepassing van kunstmatige intelligentie op gedigitaliseerde coupes.
Gedurende de opleiding krijg je steeds meer zelfstandigheid, ook bij het bespreken van de pathologie uitslagen met de kliniek. Veelal gebeurt dit tijdens multidisciplinaire overleggen (MDO’s). Vaak gaat het hier om oncologische besprekingen, waarbij je een toelichting geeft op de pathologische bevindingen. Slechts een klein deel van de opleiding wordt besteedt aan postmortaal onderzoek (obducties). Aan het eind van de opleiding kun je je opleiding deels zelf vorm geven door verdieping te zoeken in die delen waar je interesse naar uitgaat.