De opleiding begint met een perifere MDL-stage waarin vaardigheden in kliniek, algemene polikliniek en endoscopie, consulten en acute MDL zorg centraal staan. Tijdens het academisch deel van de opleiding zijn er drie verplichte verdiepende stageblokken de hepatologie-, IBD- en oncologie. Daarnaast is er de endoscopie-stage; dit is een stage die door de hele opleiding heen loopt en ook tot de verplichte stages behoort. De neurogastroenterologie & motiliteitsstage is optioneel; deze wordt verzorgd in samenwerking met het Alrijne ziekenhuis. In de OOR Leiden kan je worden opgeleid tot algemeen MDL-arts; daarnaast is er de mogelijkheid op het aandachtsgebied Hepatologie, IBD of oncologie en advanced endoscopy te behalen.